Riêng tướng Hai Ngoán, sau khi rút quân về Chợ Mới, đã cho người liên lạc đồng ý quy thuận Chính phủ Thủ tướng Diệm với điều kiện vẫn giữ được tài sản. Điều kiện này đã được Thủ tướng Diệm chấp thuận và đồng hóa cấp bậc Trung tướng cho ông trong hệ thống Quân đội Quốc gia. Ông cho các lực lượng trung thành tập hợp về khu vực núi Cấm để chờ tiếp thu, còn Bộ chỉ huy được phép trở về căn cứ Cái Dầu. Mặc dù vậy, ông vẫn ngầm giúp đỡ các đơn vị của tướng Năm Lửa, Ba Cụt. Do đó về sau, Thủ tướng sau này là Tổng thống Ngô Đình Diệm không cho ông giữ bất kỳ một vai trò nào trong chính quyền cũng như trong quân sự, đồng thời quản thúc ông một cách chặt chẽ. Tuy nhiên vào cuối năm 1955, ông được giải ngũ.

Mãi sau khi Tổng thống Diệm bị lật đổ, những điều kiện quản thúc mới được dỡ bỏ. Nhằm mục đích trở lại hoạt động chính trường, ông đã tập hợp các đồng chí và thành lập Hội Cựu chiến sĩ Hòa Hảo–Dân Xã (sau đổi thành Tập đoàn Cựu chiến sĩ Hòa Hảo-Dân Xã) do ông làm Chủ tịch. Mặc dù mang danh nghĩa một đoàn thể ái hữu xã hội nhưng trên thực tế là một tổ chức chính trị, hoạt động theo giấy phép Bộ Nội vụ Việt Nam Cộng hòa số 4085/BNV/KS cấp ngày 08-05-1964. Từ năm 1966 đến 1969, ông là thành viên Ủy ban Lãnh đạo Việt Nam Dân chủ Xã hội Đảng Thống nhất. Năm 1970, Tập đoàn Cựu chiến sĩ Hòa Hảo-Dân Xã được hợp thức hóa bởi Nghị định số 457/BNV/KS/14 ngày 29-6-1970 theo luật 009/69 ấn định qui chế chánh đảng và đối lập chánh trị, trở thành tổ chức chính trị. Với tổ chức này, ông tham gia hoạt động trong chính trường với khối Tự Quyết và Liên minh Dân chủ Xã hội từ cuối năm 1972 đến đầu năm 1975.